С версии FreeBSD-6.2 поддерживает бинарное обновление системы, то есть не нужно теперь ждать пока соберутся все исходники. Для обновления достаточно использовать утилиту freebsd-update.

ВАЖНО!
Перед обновлением необходимо за комментировать в /etc/rc.conf все установленные демоны. Так же если у вас ядро отличное от GENERIC пере собрать его используя GENERIC!

Для обновления в текущем релизе (то есть получать только исправления применимые к текущей установленной версии) используйте следующие команды:

Для перехода на следующую версию:

Более подробно можно ознакомиться с информацией в HandBook